Eine elektronische Rechnung hat die gleiche Funktion und den gleichen Zweck wie eine Papierrechnung. Sie wird jedoch in elektronischer Form ausgestellt und übermittelt. Die am 26. Mai 2014 in Kraft gegetretene EU-Richtlinie 2014/55/EU konkretisiert die Definition einer elektronischen Rechnung. E-Rechnungen müssen zukünftig auch automatisch und elektronisch verarbeitet werden können. Grundsätzlich unterscheidet man verschiedene Ausprägungen einer elektronischen Rechnung:

• Rechnungen mit unstrukturierten Daten, zum Beispiel reine Bilddateien (wie PDF, TIF, JPEG) oder eingescannte Papierrechnungen. Sie gelten nicht als E-Rechnung gemäß EU-Richtlinie und bieten auch keine Vorteile in der automatisierten Weiterverarbeitung. Im allgemeinen Sprachgebrauch werden diese Rechnungen auch als PDF-Rechnungen bezeichnet.
• Hybride Rechnungen, die aus einem PDF bestehen, in das XML-Dateien mit strukturierten Daten eingebettet sind. Hybride Rechnungen sind maßgeblich durch das ZUGFeRD-Format bekannt geworden und verbinden die Vorteile einer optischen Ansicht der Rechnung (im PDF) und einem strukturierten Datenformat für die automatisierte Weiterverarbeitung.
• Rechnungen mit strukturierten Daten verzichten auf eine bildhafte Darstellung der Rechnung und werden häufig in reinem XML-Format ausgetauscht. Für eine Weiterbearbeitung lässt sie sich auch als Bild anzeigen.

Eine Papierrechnung ist eine bildhaft repräsentierte Rechnung, die keine automatische und elektronische Verarbeitung ermöglicht. Für die elektronische Weiterverarbeitung müssen die Rechnungsinformationen zunächst digitalisiert (z.B. Scan, digitales Foto) und anschließend manuell oder über zusätzliche Systeme (z. B. Texterkennungssysteme bzw. OCR) strukturiert in die Buchführungssoftware übernommen werden.

Eine PDF-Rechnung ist eine bildhaft repräsentierte Rechnung, die zwar in einem elektronischen Format ausgestellt, übermittelt und empfangen wird, jedoch keine automatische und elektronische Verarbeitung ermöglicht. Der Schwerpunkt liegt rein auf der papiergleichen visuellen Darstellung der Rechnungsinhalte. Für eine elektronische Weiterverarbeitung müssen die Rechnungsinformationen manuell oder über zusätzliche Systeme (z. B. Texterkennungssysteme bzw. OCR) in die Buchführungssoftware übernommen werden. Die PDF-Rechnung steht an dieser Stelle exemplarisch für eine bildhaft repräsentierte Rechnung. Weitere Formate können ebenfalls eine bildhaft repräsentierte Rechnung darstellen, z. B. .tif, .jpeg, .docx.

ZUGFeRD in seiner hybriden Ausprägung trägt die Endung .pdf und ist damit formal gesehen eine unstrukturierte Datei. Da jedoch im pdf-Rechnungsdokument strukturierte XML-Rechnungsdaten zur automatischen und elektronischen Weiterverarbeitung eingebettet sind, handelt es sich um eine Kombination aus  einer unstrukturierten und  einer strukturierten Datenrepräsentanz des Sachverhalts.

Eine ‚echte‘ elektronische Rechnung nach EU-Norm ist eine in einem strukturierten Format repräsentierte Rechnung, die elektronisch ausgestellt, übermittelt und empfangen wird und eine automatische und elektronische Verarbeitung ermöglicht.

Seit dem Steuervereinfachungsgesetz von 2011 ist die elektronische der Papierrechnung gleichgestellt. Sie hat jedoch gegenüber dem Papierformat einige Vorteile, die die Abläufe im Unternehmen verbessern können. Dazu gehören:

• Kostenersparnis: Es entstehen keine Kosten für Papier, Briefumschläge, Drucker und Porto.
• Weniger Platzbedarf: Die E-Rechnung wird elektronisch abgelegt und benötigt keine physischen Ordner, Ablagen oder Aktenschränke.
• Zeitersparnis: Der elektronische Versand ist schneller als der Postweg. Dadurch können Zahlungen schneller getätigt werden. Zusätzlich entfallen die Zeiten für das Kuvertieren und Versenden der Briefe.
• Schnellere interne Prozesse: Eingangsrechnungen können schneller verarbeitet, Ausgangsrechnungen einfacher erstellt, versendet und archiviert werden. Die Rechnungen lassen sich bequem an andere Abteilungen weiterleiten und mithilfe der Suchfunktion der entsprechenden Software lassen sich archivierte Rechnungen schnell finden.

Damit Unternehmen elektronische Rechnung für den Vorsteuerabzug verwenden können, müssen sie nach § 14 Abs. 1 des Umsatzsteuergesetzes (UStG) bestimmte Bedingungen erfüllen. Diese sind dieselben wie bei der Papierrechnung:

• Echtheit der Herkunft 
• Unversehrtheit des Rechnungsinhalts 
• Lesbarkeit der Rechnung 

Selbstverständlich muss auch die E-Rechnung die Pflichtangaben nach UStG § 14 Abs. 4 enthalten, wie man sie auch von der Papierrechnung kennt.

Elektronische Rechnungen unterliegen den gesetzlichen Aufbewahrungsfristen nach § 14b Abs. 1 des UStG. Wie bei Papierrechnungen beträgt diese Frist zehn Jahre. Innerhalb dieses Zeitraums müssen die digitalen Rechnungen jederzeit zugänglich sein und in einem lesbaren Format vorliegen. Es ist deshalb ratsam, gängige Standarddateiformate zu verwenden. Die Rechnungen müssen zudem in ihrem ursprünglichen Format elektronisch und revisionssicher archiviert werden. Ein PDF muss als PDF aufbewahrt werden, eine Rechnung im Word-Format als Word-Dokument.

Der Empfänger muss zustimmen, dass die Rechnung auf elektronischem Weg an ihn übermittelt wird. Wie diese Zustimmung des Empfängers konkret aussehen soll, ist nicht geregelt. Es reicht also aus, wenn zwischen dem Rechnungsaussteller und dem Rechnungsempfänger Einvernehmen besteht, dass die Rechnung elektronisch übermittelt wird. Am sinnvollsten ist eine schriftliche Regelung oder eine entsprechende Formulierung in den Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB).